第6回目となる2009年本屋大賞は2008年11月1日から一次投票を開始。今回は1,072人もの書店員がエントリーし、一次投票には全国327書店より411人の投票が、二次投票には全国308書店より356人の投票がありました。二次投票ではノミネート作品をすべて読んだ上でベスト3を推薦理由とともに投票しました。
その結果、2009年本屋大賞に『告白』湊かなえ著（双葉社）が決まりました。順位はつぎの通りです。なお７位『出星前夜』と８位『悼む人』は総得点が同じでしたが、得点内訳にて１位票数の得票状況によりこの順位となりました。
2009年本屋大賞結果発表
大賞
411点
告白
湊かなえ（著）
双葉社
-
2位
328点
のぼうの城
和田竜（著）
小学館
-
3位
243.5点
ジョーカー・ゲーム
柳広司（著）
角川書店
-
4位
228.5点
テンペスト
池上永一（著）
角川書店
-
5位
214.5点
ボックス！
百田尚樹（著）
太田出版
-
6位
207.5点
新世界より
貴志祐介（著）
講談社
-
7位
203.5点
出星前夜
飯嶋和一（著）
小学館
-
8位
203.5点
悼む人
天童荒太（著）
文藝春秋
-
9位
139点
流星の絆
東野圭吾（著）
講談社
-
10位
135点
モダンタイムス
伊坂幸太郎（著）
講談社
発掘部門
本の雑誌増刊 『本屋大賞2009』
編者 ●本の雑誌編集部
刊行 ●2009年4月6日
定価 ●580円（税込み）
「2009年本屋大賞」のすべてを収録。ノミネート作品に対する書店員の熱きコメントはもちろん、1次投票結果そして本屋大賞と同時に募集した発掘本投票結果、さらに第２回「この文庫を復刊せよ！」の投票結果も一挙公開。
洋の東西、ジャンル、さらに刊行の新旧を問わず、書店員が「売りたい」と思った本、常日頃から思っている本を推薦。バラエティ豊かな本が集まりました。
【発掘部門とは】
ジャンルを問わず、2007年12月1日以前に刊行された作品のなかで、時代を超えて残る本や、今読み返しても面白いと思う本をエントリー書店員が一人1冊選びました。