2005年11月1日から一次投票を開始。この投票には昨年を100人以上上回る368人の書店員が参加しました。この一次投票の上位11作品（10位タイだったため）をノミネート作品として2006年1月20日に発表。その後、2月28日まで290人の書店員がノミネート11作品を再び読みなおし二次投票を行いました。
その結果、リリー・フランキーさんの『東京タワー オカンとボクと、時々、オトン』が第1位となり、「全国書店員が選んだいちばん！売りたい本 2006年本屋大賞」に選ばれました。
2006年本屋大賞結果発表
大賞
279点
東京タワー オカンとボクと、 時々、オトン
リリー・フランキー（著）
扶桑社
-
2位
196.5点
サウスバウンド
奥田 英朗（著）
角川書店
-
3位
190点
死神の精度
伊坂 幸太郎（著）
文藝春秋
-
4位
184.5点
容疑者Xの献身
東野 圭吾（著）
文藝春秋
-
5位
179.5点
その日のまえに
重松 清（著）
文藝春秋
-
6位
162点
ナラタージュ
島本 理生（著）
角川書店
-
7位
152.5点
告白
町田 康（著）
中央公論新社
-
8位
152点
ベルカ、吠えないのか？
古川日出男（著）
文藝春秋
-
9位
141点
県庁の星
桂 望実（著）
小学館
-
10位
135点
さくら
西加奈子（著）
小学館
-
11位
103点
魔王
伊坂幸太郎（著）
講談社
発掘部門
本の雑誌増刊 『本屋大賞2006』
編者 ●本の雑誌編集部
刊行 ●2006年4月5日
定価 ●580円（税込み）
「2008年本屋大賞」で全国各地から寄せられた書店員たちの熱い推薦の弁を可能な限り掲載し、さらに既刊書籍から個々の書店員が「埋もれているがもっと売りたい」と選んだ「発掘本」もあわせて収録。
洋の東西、ジャンル、さらに刊行の新旧を問わず、書店員が「売りたい」と思った本、常日頃から思っている本を推薦。バラエティ豊かな本が集まりました。
【発掘部門とは】
ジャンルを問わず、2004年12月1日以前に刊行された作品のなかで、時代を超えて残る本や、今読み返しても面白いと思う本をエントリー書店員が一人１冊選びました。