第13回目となる2016年本屋大賞は2015年11月から一次投票を開始。一次投票には全国435書店552人、二次投票には276書店より331人もの投票がありました。二次投票ではノミネート作品をすべて読んだ上でベスト3を推薦理由とともに投票しました。
その結果、2016年本屋大賞に、「羊と鋼の森」宮下奈都（文藝春秋）が決まりました。
2016年本屋大賞結果発表
大賞
372点
羊と鋼の森
宮下奈都（著）
文藝春秋
-
2位
327.5点
君の膵臓をたべたい
住野よる（著）
双葉社
-
3位
274点
世界の果てのこどもたち
中脇初枝（著）
講談社
-
4位
261点
永い言い訳
西川美和（著）
文藝春秋
-
5位
229.5点
朝が来る
辻村深月（著）
文藝春秋
-
6位
226.5点
王とサーカス
米澤穂信（著）
東京創元社
-
7位
223点
戦場のコックたち
深緑野分（著）
東京創元社
-
8位
99点
流
東山彰良（著）
講談社
-
9位
93点
教団X
中村文則（著）
集英社
-
10位
46点
火花
又吉直樹（著）
文藝春秋
翻訳小説部門
1位
書店主フィクリーのものがたり
ガブリエル・ゼヴィン（著）
小尾芙佐（訳）
早川書房
-
2位
紙の動物園
ケン・リュウ（著）
古沢嘉通（訳）
早川書房
-
2位
国を救った数学少女
ヨナス・ヨナソン（著）
中村久里子（訳）
西村書店
-
3位
服従
ミシェル・ウェルベック（著）
大塚桃（訳）
河出書房新社
-
3位
歩道橋の魔術師
呉明益（著）
天野健太郎（訳）
白水社
発掘部門
洋の東西、ジャンル、さらに刊行の新旧を問わず、書店員が「売りたい」と思った本、常日頃から思っている本を推薦。バラエティ豊かな本が集まりました。
【発掘部門とは】
ジャンルを問わず、2014年11月30日以前に刊行された作品のなかで、時代を超えて残る本や、今読み返しても面白いと思う本をエントリー書店員が一人1冊選びました。さらにその中から、これは！と共感した１冊を実行委員会が選出し「超発掘本！」として発表しました。
超発掘本
八本脚の蝶
二階堂奥歯（著）
ポプラ社
【推薦者】實山美穂／文信堂書店長岡店 （新潟県）
●推薦コメント
今から４年前の、『本屋大賞2012』の発掘部門で取り上げ、重版を訴えました。
その後、念願かなって、初版から７年ぶりの重版となり、当店で仕入れたのは、１０冊でした。それから、現在に至るまで仕掛け続けています。私が“奥歯コーナー”と呼ぶ、文芸書の棚の一角には、『八本脚の蝶』とともに、著者が読んだ本、私が著者に読んでほしかったと思う本、『八本脚の蝶』の読者におススメしたい本などを一緒に並べ、売れては別の本を仕入れる、ということを続けています。２０１５年１２月末の時点で、『八本脚の蝶』は累計４０冊売れました。２刷が最後の重版かと思われていましたが、３刷にもなったことは、大変喜ばしいことです。ポプラ社に在庫があり、私が書店員である限り、置き続けることをここに宣言します。携帯用に文庫で読みたい、と願うことは欲深いことでしょうか？
本の雑誌増刊 『本屋大賞2016』
編者 ●本の雑誌編集部
刊行 ●2016年4月12日
定価 ●600円（税込み）
第13回目を迎えた本屋大賞のすべてを網羅した発表号！ 一次投票、二次投票、翻訳小説部門に発掘部門と熱のこもったコメントでおすすめする堂々たるブックガイド。大賞受賞作家の喜びの声も収録！
5回目となる本屋大賞「翻訳小説部門」。2014年12月1日から2015年11月30日までに発行された新訳を含む翻訳小説の中から「これぞ！」という本を選び投票したもの。
第1位には、ガブリエル・ゼヴィン著、小尾芙佐訳 の『書店主フィクリーのものがたり』（早川書房）が選ばれました。
第2位、第3位には同着でそれぞれ2作品入りました。